Nadrzędnym celem Programu jest poprawa jakości życia mieszkańców i mieszkanek Gdańska, poprzez wspieranie innowacyjnych przedsięwzięć, dotyczących polityki społecznej. Dlatego INNaczej koncentruje się na edukowaniu i wzmacnianiu kompetencji innowatorów i innowatorek społecznych poprzez naukę w działaniu. Ponadto służy finansowaniu inicjatyw, które pomogą rozwiązać rzeczywiste wyzwania społeczne, dotychczas nie podjęte lub podejmowane do tej pory w inny sposób.